En la Sala III se muestra, a escala, una maqueta que interpreta la Algeciras Medieval, recogiendo los dos recintos amurallados de los que constó y del estado de ésta a finales del siglo XIV. En la misma sala y rodeando la maqueta encontramos paneles con fotografías de construcciones de la época, reproducción de grabados antiguos y planos que ayudan al público a situar en la ciudad actual los importantes edificios de la época y el trazado de las murallas que la rodearon.

La Sala IV muestra testimonios materiales de la época islámica: objetos cerámicos, óseos, metálicos y monedas de los siglos VIII al XIV, recuperados a través del importante trabajo arqueológico realizado. Destaca la variedad de tipología cerámica y entre ella la estampillada, de fabricación local, una colección de estelas procedentes de la necrópolis islámica recuperada en la avenida Capitán Ontañón, tres dinares de oro hallados en el transcurso de una intervención arqueológica realizada en la calle General Castaños de esta ciudad y un candil de bronce, con inscripciones, de época califal, conocido por su participación en exposiciones temporales celebradas por todo el mundo como el “Candil de Algeciras”.

El periodo cristiano también queda recogido en una de las vitrinas de la sala con muestras de cerámica procedente de la zona del levante español y, junto a ella, un sillar que recoge una inscripción castellana, escrita en letra gótica mayúscula, recuperado en las intervenciones arqueológicas realizadas en la Prolongación de la avenida de Blas Infante en 1998, que ha permitido cuestionar la factura islámica, concretamente meriní, de la mayor parte de los restos visibles del Parque Arqueológico.