La Sala II se dedica a la Edad Antigua, sobre todo a los períodos púnico, romano altoimperial y bizantino. Destacan entre el material expuesto el Pedestal de la diosa Diana, del siglo II d. de C. y un conjunto de ánforas procedentes de los Hornos Romanos del Rinconcillo, del siglo I d. de C. Una de sus vitrinas se centra en la importancia de las actividades pesqueras y en ella se distingue el hallazgo de dos factorías de salazón de pescado de la época: Caetaria, localizada en una zona cercana a la desembocadura del río Pícaro en la Playa de Getares y la Factoría de la calle San Nicolás, ésta última de cronología comprendida entre el siglo I a. de C. y el VI d. de C., declarada por la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía Bien de Interés Cultural.